宋元两代禅宗临济派经过长时间的调整，为明清两代的复兴打下了更为坚实的人文基础。明代末期，因时世不景，赋税沉重，柳波庵实在难以维持，故被迫将原产业典当及变卖，逐渐使僧徒四散，庵一度荒废。
明朝万历年间，顺德龙山乡人柯离际，法号道丘，别号栖壑，经本师碧崖长老介绍，投到韶关南华寺（晋时初名为宝林寺）憨山禅师门下修学佛法。明崇祯八年，为创建肇庆庆云寺作出了巨大贡献。
清康熙初年，肇庆庆云寺僧人元亮，字浩则，路经大良，观凤山如凤凰展翅，柳波庵如凤之口，口吐莲花，不禁心动；见此凤山胜景，他认定这是一块佛门胜地，并预言日后佛法禅宗必定在这里发扬光大，为推动顺德佛教的复兴，为弘扬临济宗的禅法，立志留庵长居。元亮深得县人敬重，他集资捐助，赎回田产，扩建庵堂，恢复寺院产业。当时庵内种植了七株参天古木，苑如西天宝林之山，元亮取其“净土七宝树”之意（阿弥陀经所说的七宝是：金、银、琉璃、珊瑚、琥珀、砗渠、玛瑙），故随即将柳波庵易名为“宝林寺”。继后他在这里广栽树木，使宝林寺面貌渐渐改观。元亮对于禅宗临济的弘扬是不遗余力，这使宝林寺越加显赫。
康熙十六年，知县时应泰（辽宁金州人，十五年任）捐俸禄赎回原田二百亩，收取田租以供养僧众，由是古刹始有生色。此其时，宝林寺经过扩建、修葺，其建筑已颇具规模，共四庭五进，盖有头山门、天王殿、大雄宝殿、禅堂、方丈说法堂、伽蓝堂、祖堂、客堂、肉身堂及僧房、库房、斋舍等十余座。天王殿供弥勒、韦驮、四大天王、关帝等，大雄宝殿供奉三方佛祖、十八罗汉、六祖慧能及地藏菩萨，客堂主要供奉千手千眼观世音菩萨。当时有僧徒三十馀人，藏频伽经1916种，分8416卷，合414册。另外，宝林僧人重视植树绿化，保护环境，种菩提树数株，浓荫如盖，成为丛林中风水之树。
宝林寺成为地方首刹，人们视之为胜地，每遇国家大典或开读朝廷诏令，则地方长官绅耆仍集合寺庭举礼。随后县衙在寺内增设万寿宫，供文武官员向帝、后祝寿及恭听“圣谕”。
